Además de la cooperación geográfica, a través del Fondo Europeo de Desarrollo, la Comisión Europea tiene instrumentos y programas temáticos (derechos humanos y democracia, seguridad alimentaria, educación, medio ambiente, salud, cultura, migración,…), financiados por el presupuesto de la CE, de los que se pueden beneficiar organizaciones en la República Dominicana. Estos programas e instrumentos temáticos completan a los programas geográficos, en el caso de RD, a aquellos financiados por el FED. La sociedad civil está en el centro de estos programas.
Las diferentes organizaciones dominicanas pueden presentar su propuesta a convocatorias lanzadas desde la Sede de la Comisión Europea, en Bruselas, y de las que la Delegación de la Unión Europea en el país informará en su momento. Sin embargo, desde 2010, la Delegación de la Unión Europea en República Dominicana lanza también convocatorias localmente, una bajo el Instrumento Europeo de Democracia y Derechos Humanos, y otra bajo el programa temático de Actores No Estatales y Autoridades Locales.
Actualmente, bajo el programa temático de Medio Ambiente y Recursos Naturales, se ejecuta el proyecto Corredor biológico del Caribe, por un monto de US$ 3,384,743.73
